El comercio interno se apoyó mucho en las redes que existían antes de los españoles y que se modificaron tras la congregación de pueblos. En la ciudad de Santiago se concentraba las tiendas en manos de españoles, pero había un pequeño comercio donde participaban extensamente indígenas, mestizos y mulatos. Además, existían los mercados en ls plazas centrales de los pueblos, también en la ciudad de Santiago.

El comercio más importante fue el que se enviaba al exterior, sobre todo cacao, añil, cochinilla y plata. Este comercio se dirigía a España pues estaba monopolizado por los comerciantes de la ciudad de Sevilla. Las autoridades prohibían el comercio entre las distintas colonias. Aunque había algunos puertos en el territorio de la audiencia, la principal ruta de envío de las mercaderías era por México.

La economía colonial descansó en el trabajo forzado de indígenas y en la esclavitud de la población de origen africano. Los indígenas estaban obligados ir por turnos a trabajar a las propiedades de los españoles. Este sistema se llamaba repartimiento. Los esclavos trabajaban en los ingenios y haciendas de las iglesias o de particulares. También lo hacían en propiedades menores de los españoles o de algunos mestizos que tenían propiedades.

Los mestizos, negros y mulatos se expandieron por todo el territorio, la mayoría se ubicaba como jornalero en las haciendas de ganado o en los obrajes de añil, que existían en la costa, el oriente y El Salvador. Otros se ubicaron en las propiedades españolas cerca de los pueblos indígenas.

En la ciudad de Santiago estaba la sede de la Audiencia de Guatemala, que gobernaba un territorio extenso desde Chiapas hasta Costa Rica. En esa época toda ciudad tenía el derecho de tener un cabildo (municipalidad). El de la ciudad de Santiago no sólo gobernaba la ciudad sino también todo el territorio del Corregimiento. Los españoles encomenderos y comerciantes dominaron el cabildo y lo gobernaron en función de sus intereses. El cabildo llegó a controlar la recaudación de impuestos y eso les dio mucho poder. La audiencia mantuvo muchos conflictos con el cabildo.

La ciudad de Santiago fue el gran centro de la vida colonial, lugar de residencia de principales españoles y de mucha población. En el siglo XVII es cuando mayor crecimiento tiene. La ciudad se extiende y presenta una arquitectura urbana donde los edificios gubernamentales, pero sobre todo los religiosos resaltan. En ese tiempo es la tercera ciudad más importante de América.

Para mantener a la ciudad se congregaron muchos pueblos indígenas, destinados a producir alimentos, trabajar para las propiedades de los españoles en un área que va de Chimaltenango a la actual Guatemala y para cobrar el tributo, llamado del Corregimiento del Valle.

La Iglesia Católica fue la institución religiosa dominante. Esta regía lo que hoy conocemos como Guatemala y El Salvador. Existían los religiosos regulares, que pertenecían a las órdenes misioneras, estos se encargaban de evangelizar a la población indígena y se ubicaron sobre todo en el occidente y norte de Guatemala, mientras los seculares eran los religiosos bajos las órdenes de los obispos y se ubicaron sobre todo hacia la costa sur y el oriente, incluyendo El Salvador.

La Iglesia llegó a tener muchas propiedades en la ciudad y en el campo, especialmente ingenios de azúcar y haciendas de ganado. La construcción de iglesias y conventos muestran su importancia.

La vida colonial se regía por el calendario y los rituales religiosos masivos. La religión fue la principal expresión cultural que unió a la sociedad tan diversa que existía en Guatemala.